Сегодня в музее работает 34 экспозиционных  и выставочных зала, в которых размещены экспонаты различной тематики.

Экспозиция музея состоит из следующих направлений:

• естественная история края знакомит с природными достопримечательностями Башкортостана;
• археология представлена эпохой камня и бронзы на территории Башкортостана, в зале можно увидеть орудия труда, охоты и рыболовства, многочисленную керамику, рассказывает о жизни древнего человека;
• история края включает в себя 12 залов. В музее собран богатый материал по истории края: фотографии, подлинные документы, уникальные экспонаты, начиная с XV века до современности;
• этнография народов Башкортостана знакомит с богатой материальной и духовной культурой, национальными праздниками, обрядами, рассказывает об основных занятиях и ремеслах.