Фонд «Естественной истории» включает в себя следующие коллекции:

1. «Зоология» — хранятся чучела птиц и млекопитающих, шкуры животных, скелетный материал.

2. «Ботаника» — состоит из гербариев. Хранятся как общие («Растительность БАССР», «Флора Башкирии») так и тематические («Медоносные растения БАССР», «Лекарственные растения РБ») гербарии. Первые из них собраны в 1866 году.

3. «Энтомология» — включает в себя коллекции насекомых из следующих отрядов: чешуекрылых, жёсткокрылых, полужёсткокрылых, перепончатокрылых, двукрылых и др.

4. «Палеонтология» — хранится костный материал плейстоценовых вымерших млекопитающих (элефантиды, носороги, бизоны, гигантские олени, пещерные медведи). Включает в себя кости конечностей, черепа, бивни, зубы, позвонки и т.д.

5. «Геология» — хранятся коллекции: полезных ископаемых, минералов, горных пород, руд (железных, золотосодержащих, цветных металлов), цветных и поделочных камней, метеоритов, а также коллекции по стратиграфии (окаменелые остатки растений и животных).